Universitat Internacional de Catalunya

Introducció a la Bioinformàtica

Introducció a la Bioinformàtica
6
13489
2
Segon semestre
OB
EINES INFORMÀTIQUES BÀSIQUES EN SALUT
Llengua d'impartició principal: anglès

Altres llengües d'impartició: català, castellà

Professorat


Les preguntes es respondran en persona abans o després de la classe, o bé per correu electrònic.

Professores:

Presentació

Diàriament es generen grans quantitats de dades biomèdiques, ja sigui des de laboratoris de recerca, laboratoris clínics o les empreses privades. Cal millorar la nostra capacitat d'entendre i analitzar aquest tipus de dades per aprofitar al màxim la capacitat de generar nous avenços científics i millorar l'atenció a pacients. Per als que no són bioinformàtics, el maneig de grans quantitats de dades continua sent una tasca descoratjadora.

Aquest curs està dissenyat per cobrir les habilitats bioinformàtiques més bàsiques, que qualsevol persona al camp biomèdic ha de conèixer. 

Requisits previs

Per seguir aquesta classe, calen coneixements previs en genètica, biomolècules i biologia molecular. Es recomana tenir experiència addicional en l'ús d'ordinadors, navegadors web i Internet i en l'ús de programes de fulls de càlcul.

Objectius

L'objectiu d'aquest curs és adquirir una visió general de les eines bioinformàtiques bàsiques a la recerca biomèdica i la pràctica clínica. 

  • Obtenir una visió global de l’impacte de les dades i de com estan canviant la biologia i la biomedicina.
  • Entendre la bioinformàtica com a eina transversal a múltiples disciplines.
  • Conèixer i dominar les principals bases de dades biològiques públiques disponibles a la recerca biomèdica.

Competències/Resultats d’aprenentatge de la titulació

Competències bàsiques

  1. Capacitat per comprendre, desenvolupar i aplicar fluxos de treball computacionals per resoldre problemes biològics complexos.
  2. Entendre com es fa una investigació basada en dades.
  3. Comunicar de manera clara i precisa el procés i els resultats del projecte.

Competències generals

  1. Utilitzar els recursos bioinformàtics més importants en la investigació biomèdica.
  2. Capacitat per identificar i utilitzar de manera independent les eines bioinformàtiques adequades per a cada procés o compost biològic. 

Competències transversals

  1. Desenvolupar la capacitat d’organització i planificació adequada al moment.
  2. Utilitzar Internet com a mitjà de comunicació i font d’informació.
  3. Saber comunicar, fer presentacions i escriure articles científics.
  4. Desenvolupar la capacitat de resoldre problemes.

Resultats d’aprenentatge de l’assignatura

Al final del curs, els estudiants hauran adquirit:

  1. Coneixement general de les bases de dades biològiques existents i com utilitzar-les.
  2. Coneixements generals de programació i llenguatges de programació.
  3. Generar comunicacions científiques que impliquin l'ús d'eines bioinformàtiques.

Continguts

• Unitat 1: Introducció a la biologia computacional

• Unitat 2: Bases de dades biològiques

• Unitat 3: Fonaments de la programació

• Unitat 4: Eines bioinformàtiques per a la genètica

• Unitat 5: Eines bioinformàtiques per a RNA

• Unitat 6: Eines bioinformàtiques per a proteines

• Unitat 7: Interaccions molècula-proteïna

• Unitat 8: Eines bioinformàtiques per a la edició genètica

Metodologia i activitats formatives

Modalitat totalment presencial a l'aula



Conferències: Presentació de temes teòrics i aspectes tècnics per part del professor.

Mètodes de casos (MC): Presentació duna situació real o hipotètica en petits grups. Els alumnes treballen amb el professor per resoldre qüestions pràctiques. El professor intervé activament i, si cal, aporta nous coneixements.

Sessions pràctiques: En petits grups, s'avaluarà la capacitat dels alumnes per utilitzar de manera autònoma les eines presentades a les classes magistrals i MC. 

Educació Virtual (EV): Material en línia que l'alumne pot consultar des de qualsevol ordinador, en qualsevol moment i que contribuirà a l'autoaprenentatge de conceptes relacionats amb l'assignatura.

Sistemes i criteris d'avaluació

Modalitat totalment presencial a l'aula



1) Alumnat en primera convocatòria: 
  • Examen final: 20%
  • Resolució de mètodes del cas: 50% (5 blocs de 10% cadascun)
  • Resolució pràctiques: 30% (6 sessions (5% de sessió))
    El professorat es reserva un 10% extra de la nota per concedir-la per arguments subjectius com ara: la implicació, la participació, el respecte a les normes bàsiques, etc.

2) Alumnat en segona convocatòria o posterior: els mateixos criteris que a la primera convocatòria. Es guardarà la nota de qualsevol de les parts aprovades.

 

Punts generals que cal tenir en compte sobre el sistema d’avaluació: 

1) A totes les parts de l'assignatura, s’haurà d’obtenir un 5 de nota mínima per poder fer mitjana amb les altres parts i la mitjana haura de ser superior a 5. L'examen final serà tipus test amb quatre opcions de resposta, on comptarà +1 els encerts i -0,33 els errors.

2) Els mètodes del cas s'avaluaran amb treballs per cada bloc de temari. Cada bloc disposa d'entre 2-3 sessions i caldrà assistir a totes les sessions de cada bloc per poder fer l'entrega posterior del treball corresponent i sumar la part avaluativa. La no assistència o algun MC així con la no presentació del treball abans de la data límit corresponent, suposarà un 0 al percentatge corresponent. Per cada bloc és un 10% i n'hi han fins a 5 blocs que acabaran sumant el 50% de l'assignatura.

3) Les pràctiques s'avaluaran amb treballs que es realitzaran in situ a cada pràctica. S'haura de fer entrega del treball abans de sortir de l'aula. La no assistència o no presentació del treball durant la pràctica corresponent, supossarà un 0 al percentatge corresponent. Cada pràctica suma un 5% fins a un total de 6 pràctiques que sumen un 30%.

4) Assistència a classe:

  • Es recomana l’assistència regular a totes les classes. 
  • L’assistència no és obligatòria, pero la no assistència o la no entrega a temps dels treballs, pot perjudicar la nota de l'alumnat. Es farà mitjana dels casos avaluats de manera proporcional.
  • L’expulsió d’un alumne de qualsevol de les classes repercutirà negativament en les avaluacions.

5) En la concessió de les matrícules d’honor, entre els candidats es tindrà especial consideració la seva participació a les diferents metodologies de l’assignatura, així com el respecte per les normes bàsiques.

6) L’ús indegut d’aparells electrònics, com mòbils, tauletes o ordinadors portàtils, pot comportar l’expulsió de classe. Com a ús indegut s’entén l’enregistrament i la difusió tant de l’alumnat com del professorat durant les diferents lliçons, així com l’ús d’aquests aparells amb finalitats lúdiques i no educatives.    

 

Bibliografia i recursos

  1. Applied Bioinformatics, 2nd Edition. Springer (2018). ISBN: 978-3-319-68299-0
  2. Biomedical Informatics, 4th Edition. Springer (2014). ISBN:  978-1-4471-4473-1
  3. Fundations of Programming Languages. 2nd Edition. Springer (2017). ISBN: 978-3-319-70789-1
  4. Bioinformatics with Python cookbook, 2nd Edition ISBN-10: 1789344697
  5. H. Wickham. R packages. O'Reailly, Sebastopol, 2015.

Període d'avaluació

E: data d'examen | R: data de revisió | 1: primera convocatòria | 2: segona convocatòria:
  • E1 22/05/2023 16:00h
  • E2 27/06/2023 A12 11:00h