Universitat Internacional de Catalunya
Interacción de Biomoléculas
Otras lenguas de impartición: catalán, inglés
Profesorado
La interacción con el profesorado se realizará previa solicitud por correo electrónico: jvilla@uic.cat /
Martin Floor (mfloor@uic.es)
Presentación
Conocer cómo las biomoléculas interaccionan nos abre las puertas a entender mecanismos biológicos de creciente complejidad. En este curso, después de una breve introducción a las diferentes técnicas experimentales de estudio de las interacciones, usaremos una aproximación puramente bioinformática para analizar las particularidades de las interacciones de las biomoléculas y el estudio de las bases de datos existentes y finalizaremos con el uso de simulaciones moleculares y docking para entender con más detalle la base bioquímica y estructural de estas interacciones.
Requisitos previos
Hay que tener un buen fundamento de bioquímica y tener capacidad de entender, desarrollar y ejecutar herramientas de análisis bioinformática basadas en Python y R.
Objetivos
El objetivo central de esta asignatura es desarrollar un conocimiento holístico de las características de las interacciones entre moléculas de interés biológico (proteínas, ácidos nucleicos, metabolitos). En particular, en este curso, buscaremos:
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Conocer la importancia de la información de interacción molecular y ser capaces de proporcionar ejemplos de diferentes tipos de interacción molecular.
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Conocer las principales metodologías experimentales utilizadas para estudiar las interacciones proteína-proteína, así como sus virtudes y limitaciones.
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Conocer y aprender a utilizar las bases de datos de interacciones moleculares.
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Ejecutar y comprender metodologías de simulación molecular sencillas y de docking molecular.
Competencias/Resultados de aprendizaje de la titulación
General:
- Trabajo en equipo y responsabilidad
- Capacidad para adaptarse a problemas complejos y tomar decisiones informadas
Específico:
- Adquirir la capacidad de comprender, desarrollar y aplicar flujos de trabajo computacionales para resolver problemas biológicos complejos.
- Dominar la investigación basada en datos.
- Desarrollar habilidades para la comunicación científica en forma escrita y oral, simplificando lo complejo.
Resultados de aprendizaje de la asignatura
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Conocimiento avanzado del uso del repertorio existente de bases de datos de interacción de proteínas.
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Capacidad de desarrollar herramientas computacionales en Python y R para el análisis de datos de interacción de biomoléculas.
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Capacidad de realizar trabajos en equipo para producir y comunicar investigación científica.
Contenidos
La asignatura se divide en tres módulos.
Conferencias:
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Interacción de biomoléculas
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Fundamentos fisicoquímicos
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Técnicas experimentales
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Bases de datos de interacciones moleculares
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Dinámica de las interacciones moleculares
Laboratorio:
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Bases de datos de interacciones moleculares
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El uso de simulaciones en el estudio de las interacciones moleculares
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Docking
PBL:
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Análisis y discusión de ejemplos reales de interacciones moleculares en biomedicina
Metodología y actividades formativas
Modalidad semipresencial (blended)
La asignatura se divide en tres actividades principales:
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Sesiones de fondo, basadas en sesiones impartidas por el profesor.
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Sesiones prácticas en que el desarrollo de herramientas computacionales permitirá la entrega de ejercicios prácticos para dar respuesta a un problema propuesto.
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Sesiones de aprendizaje basado en problemas en que los equipos estudiantiles desarrollarán colectivamente un estudio crítico a un reto propuesto.
Toda la materia se basa en un esquema de flipped classroom, en el que el alumnado deberá trabajar para preparar el contenido de las próximas sesiones y, en algunos casos, exponer sus aprendizajes a los compañeros en un esquema de pensamiento colaborativo y crítico
Sistemas y criterios de evaluación
Modalidad semipresencial (blended)
La evaluación se basará en los siguientes ítems:
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Exámenes escritos:
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Parcial: 15 % de la nota final
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Final (incluido el material completo del curso): 25 % de la nota final
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Entrega de ejercicios prácticos: 30 % de la nota final
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Presentación del grupo PBL: 30 % de la nota final
Para aprobar la asignatura el alumnado debe obtener una nota mínima de 5 en cada uno de los ítems mencionados (parcial, final, ejercicios prácticos y PBL). Si no alcanza los 5 puntos de los ítems 1a y 1b, puede hacer un examen final de respuesta múltiple el 25 de junio para mejorar sus notas. No hay una segunda oportunidad para los ítems 2 y 3.
Bibliografía y recursos
Structural Bioinformatics 2nd Edition Jenny Gu; Philip E. Bourne ISBN-10: 0470181052
Molecular Driving Forces: Statistical Thermodynamics in Biology, Chemistry, Physics, and Nanoscience, 2nd Edition; Ken A. Dill ISBN-10: 9780815344308
Protein-protein interactions : methods and applications. Edited by Haian Fu. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004. xvi, 532. ISBN 1588291200.
Protein-ligand interactions : hydrodynamics and calorimetry : a practical approach. Edited by Stephen E. Harding - Babur Z. Chowdhry. 1st pub. Oxford: Oxford University Press, 2001. xxiv, 330. ISBN 0-19-963749-0.
Protein-ligand interactions : structure and spectroscopy : a practical approach. Edited by S. E. Harding - Babur Z. Chowdhry. 1st pub. Oxford: Oxford University Press, 2001. xxvi, 436. ISBN 0199637474.
Periodo de evaluación
- E1 31/05/2021 I3 11:00h
- E2 28/06/2021 14:00h