Universitat Internacional de Catalunya

Introducció a la Bioinformàtica

Introducció a la Bioinformàtica
6
13489
2
Segon semestre
OB
EINES INFORMÀTIQUES BÀSIQUES EN SALUT
Llengua d'impartició principal: anglès

Altres llengües d'impartició: català, castellà

Professorat


Les preguntes es respondran en persona abans o després de la classe, o bé per correu electrònic.

Professores:

Presentació

Diàriament es generen grans quantitats de dades biomèdiques, ja sigui des de laboratoris de recerca, laboratoris clínics o les empreses privades. Cal millorar la nostra capacitat d'entendre i analitzar aquest tipus de dades per aprofitar al màxim la capacitat de generar nous avenços científics i millorar l'atenció a pacients. Per als que no són bioinformàtics, el maneig de grans quantitats de dades continua sent una tasca descoratjadora.

Aquest curs està dissenyat per cobrir les habilitats bioinformàtiques més bàsiques, que qualsevol persona al camp biomèdic ha de conèixer. 

Requisits previs

Per seguir aquesta classe, calen coneixements previs en genètica, biomolècules i biologia molecular. Es recomana tenir experiència addicional en l'ús d'ordinadors, navegadors web i Internet i en l'ús de programes de fulls de càlcul.

Objectius

L'objectiu d'aquest curs és adquirir una visió general de les eines bioinformàtiques bàsiques a la recerca biomèdica i la pràctica clínica. 

  • Obtenir una visió global de l’impacte de les dades i de com estan canviant la biologia i la biomedicina.
  • Entendre la bioinformàtica com a eina transversal a múltiples disciplines.
  • Conèixer i dominar les principals bases de dades biològiques públiques disponibles a la recerca biomèdica.

Competències

Competències bàsiques

  1. Capacitat per comprendre, desenvolupar i aplicar fluxos de treball computacionals per resoldre problemes biològics complexos.
  2. Entendre com es fa una investigació basada en dades.
  3. Comunicar de manera clara i precisa el procés i els resultats del projecte.

Competències generals

  1. Utilitzar els recursos bioinformàtics més importants en la investigació biomèdica.
  2. Capacitat per identificar i utilitzar de manera independent les eines bioinformàtiques adequades per a cada procés o compost biològic. 

Competències transversals

  1. Desenvolupar la capacitat d’organització i planificació adequada al moment.
  2. Utilitzar Internet com a mitjà de comunicació i font d’informació.
  3. Saber comunicar, fer presentacions i escriure articles científics.
  4. Desenvolupar la capacitat de resoldre problemes.

Resultats d'aprenentatge

Al final del curso, los estudiantes hauran adquirit:

  1. Coneixement general de les bases de dades biològiques existents i com utilitzar-les.
  2. Coneixements generals de programació i llenguatges de programació.
  3. Generar comunicacions científiques que impliquin l'ús d'eines bioinformàtiques.

Continguts

• Unitat 1: Introducció a la biologia computacional

• Unitat 2: Bases de dades biològiques

• Unitat 3: Eines bioinformàtiques per a la genètica

• Unitat 4: Eina bioinformàtica per a proteïnes

• Unitat 5: Quimioinformàtica

• Unitat 6: Interaccions molècula-proteïna

• Unitat 7: Biologia de Sistemes

• Unitat 8: Fonaments de la programació

Metodologia i activitats formatives

Modalitat totalment presencial a l'aula



Conferències: Presentació de temes teòrics i aspectes tècnics per part del professor.

Mètodes de casos (MC): Presentació duna situació real o hipotètica en petits grups. Els alumnes treballen amb el professor per resoldre qüestions pràctiques. El professor intervé activament i, si cal, aporta nous coneixements.

Sessions pràctiques: En petits grups, s'avaluarà la capacitat dels alumnes per utilitzar de manera autònoma les eines presentades a les classes magistrals i MC. Es duran a terme activitats addicionals de debat sobre la idoneïtat de les eines actuals i les noves eines possibles.

Educació Virtual (EV): Material en línia que l'alumne pot consultar des de qualsevol ordinador, en qualsevol moment i que contribuirà a l'autoaprenentatge de conceptes relacionats amb l'assignatura.

Sistemes i criteris d'avaluació

Modalitat totalment presencial a l'aula



  • Conferències: 30%
    • Examen parcial: Unitats 1-4 (15%)
    • Examen final: Unitats 5-8 (15%)
    • Recuperació: Unitats 1-4 y/o Unitats 5-8
  • MC: 40%
    • Bloc I: Unitats 1-3 (~16%)
    • Bloc II: Unitats 4-7 (~16%)
    • Bloc III: Unitats 8 (~8%)
  • Pràctica: 30%
    • 6 sessions (5% de sessió)

* Els professors es reserven fins a un 10% de la nota per atorgar-la per motius subjectius com: implicació, participació, respecte a les normes bàsiques, etc.

* Per aprovar el curs, l'estudiant ha d'obtenir una nota mínima de 5 a la secció de conferències.

Bibliografia i recursos

  1. Applied Bioinformatics, 2nd Edition. Springer (2018). ISBN: 978-3-319-68299-0
  2. Biomedical Informatics, 4th Edition. Springer (2014). ISBN:  978-1-4471-4473-1
  3. Fundations of Programming Languages. 2nd Edition. Springer (2017). ISBN: 978-3-319-70789-1
  4. Bioinformatics with Python cookbook, 2nd Edition ISBN-10: 1789344697
  5. H. Wickham. R packages. O'Reailly, Sebastopol, 2015.