Universitat Internacional de Catalunya

Introducción a la Bioinformática

Introducción a la Bioinformática
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Segundo semestre
OB
HERRAMIENTAS INFORMÁTICAS BÁSICAS EN SALUD
Lengua de impartición principal: inglés

Otras lenguas de impartición: catalán, castellano

Profesorado


Las preguntas se responderán en persona antes o después de la clase, o por correo electrónico.

Profesoras:


Presentación

A diario se generan grandes cantidades de datos biomédicos, ya sea desde laboratorios de investigación, laboratorios clínicos o empresas privadas. Es necesario mejorar nuestra capacidad de entender y analizar este tipo de datos para aprovechar al máximo su capacidad de generar nuevos avances científicos y mejorar la atención a pacientes. Para quienes no son bioinformáticos, el manejo de grandes cantidades de datos sigue siendo una tarea desalentadora. 

Este curso está diseñado para cubrir las habilidades bioinformáticas más básicas, que cualquier persona en el campo biomédico debe tener.

Requisitos previos

Para seguir esta asignatura, se necesitan conocimientos previos en genética, biomoléculas y biología molecular. Se recomienda encarecidamente tener experiencia adicional en el uso de ordenadores, navegadores web e Internet y en el uso de programas de hojas de cálculo.


Objetivos

El objetivo de este curso es adquirir una visión general de las herramientas bioinformáticas básicas en la investigación biomédica y la práctica clínica. 

  • Obtener una visión global del impacto de los datos y de cómo están cambiando la biología y la biomedicina.
  • Entender la bioinformática como una herramienta transversal a múltiples disciplinas.
  • Conocer y dominar las principales bases de datos biológicas públicas disponibles para la investigación biomédica.
  • Introducir los conocimientos básicos de los lenguajes de programación y su relevancia en la biología moderna.

Competencias/Resultados de aprendizaje de la titulación

Competencias básicas

  1. Capacidad para comprender, desarrollar y aplicar flujos de trabajo computacionales para resolver problemas biológicos complejos.
  2. Entender cómo se realiza una investigación basada en datos.
  3. Comunicar de forma clara y precisa el proceso y los resultados de un proyecto.

Competencias generales

  1. Utilizar los recursos bioinformáticos más importantes en la investigación biomédica. 
  2. Capacidad para identificar y utilizar de forma independiente las herramientas bioinformáticas adecuadas para cada proceso o compuesto biológico. 

Competencias transversales

  1. Desarrollar la capacidad de organización y planificación adecuada al momento.
  2. Utilizar Internet como medio de comunicación y fuente de información.
  3. Saber comunicar, hacer presentaciones orales  y escribir artículos científicos.
  4. Desarrollar la capacidad de resolver problemas.

Resultados de aprendizaje de la asignatura

Al final del curso, los estudiantes tendrán:

  1. Conocimiento general de las bases de datos biológicas existentes y de cómo utilizarlas.
  2. Conocimientos generales de programación y lenguajes de programación.
  3. Generar comunicaciones científicas que impliquen el uso de herramientas bioinformáticas.

Contenidos

  • Unidad 1: Introducción a la biología computacional

  • Unidad 2: Bases de datos biológicas

  • Unidad 3: Fundamentos de la programación

  • Unidad 4: Herramientas bioinformáticas para la genética

  • Unidad 5: Herramientas bioinformáticas para RNA

  • Unidad 6: Herramientas bioinformáticas para proteínas

  • Unidad 7: Interacciones molécula-proteína

  • Unidad 8: Herramientas bioinformáticas para edición genética

Metodología y actividades formativas

Modalidad totalmente presencial en el aula



Conferencias: Presentación de temas teóricos y aspectos técnicos por parte del profesor.

Métodos de casos (MC): Presentación de una situación real o hipotética en pequeños grupos. Los alumnos trabajan junto al profesor para resolver cuestiones prácticas. El profesor interviene activamente y, si es necesario, aportar nuevos conocimientos. 

Sesiones prácticas: En pequeños grupos, se evaluará la capacidad de los alumnos para utilizar de forma autónoma las herramientas presentadas en las clases magistrales y MC. 

Educación Virtual (EV): Material online que el alumno puede consultar desde cualquier ordenador, en cualquier momento y que contribuirá al aprendizaje de conceptos relacionados con la asignatura.

Sistemas y criterios de evaluación

Modalidad totalmente presencial en el aula



1) Alumnado en primera convocatoria:
  • Examen final: 20%
  • Resolución de métodos del caso: 50% (5 bloques de 10% cada uno)
  • Resolución prácticas: 30% (6 sesiones (5% de sesión))
El profesorado se reserva un 10% extra de la nota para concederla por argumentos subjetivos como la implicación, la participación, el respeto a las normas básicas, etc.
2) Alumnado en segunda o posterior convocatoria: los mismos criterios que en la primera convocatoria. Se guardará la nota de cualquiera de las partes aprobadas.
Puntos generales a tener en cuenta sobre el sistema de evaluación:
1) En todas las partes de la asignatura, se deberá obtener un 5 de nota mínima para poder promediar con las otras partes y la media deberá ser superior a 5. El examen final será tipo test con cuatro opciones de respuesta donde contará +1 los aciertos y -0,33 los errores.   2) Los métodos del caso se evaluarán con trabajos por cada bloque de temario. Cada bloque dispone de entre 2-3 sesiones y será necesario asistir a todas las sesiones de cada bloque para poder realizar la entrega posterior del trabajo correspondiente y sumar la parte evaluativa. La no asistencia o algún MC así como la no presentación del trabajo antes de la fecha límite correspondiente, supondrá un 0 en el porcentaje correspondiente. Por cada bloque es un 10% y hay hasta 5 bloques que acabarán sumando el 50% de la asignatura.
3) Las prácticas se evaluarán con trabajos que se realizarán in situ en cada práctica. Se deberá entregar el trabajo antes de salir del aula. La no asistencia o no presentación del trabajo durante la práctica correspondiente, supondrá un 0 en el porcentaje correspondiente. Cada práctica suma un 5% hasta un total de 6 prácticas que suman un 30%.
4) Asistencia a clase:
  • Se recomienda la asistencia regular a todas las clases.
  • La asistencia no es obligatoria, pero la no asistencia o no entrega a tiempo de los trabajos, puede perjudicar la nota del alumnado. Se promediará los casos evaluados de forma proporcional.
  • La expulsión de un alumno de cualquiera de las clases repercutirá negativamente en las evaluaciones.

5) En la concesión de las matrículas de honor, entre los candidatos se tendrá especial consideración su participación en las diferentes metodologías de la asignatura, así como el respeto por las normas básicas.
6) El uso indebido de aparatos electrónicos, como móviles, tabletas u ordenadores portátiles, puede comportar la expulsión de clase. Como uso indebido se entiende la grabación y difusión tanto del alumnado como del profesorado durante las diferentes lecciones, así como el uso de estos aparatos con fines lúdicos y no educativos.

Bibliografía y recursos

  1. Applied Bioinformatics, 2nd Edition. Springer (2018). ISBN: 978-3-319-68299-0
  2. Biomedical Informatics, 4th Edition. Springer (2014). ISBN:  978-1-4471-4473-1
  3. Fundations of Programming Languages. 2nd Edition. Springer (2017). ISBN: 978-3-319-70789-1
  4. Bioinformatics with Python cookbook, 2nd Edition ISBN-10: 1789344697
  5. H. Wickham. R packages. O'Reailly, Sebastopol, 2015.

Periodo de evaluación

E: fecha de examen | R: fecha de revisión | 1: primera convocatoria | 2: segunda convocatoria:
  • E1 22/05/2023 16:00h
  • E2 27/06/2023 A12 11:00h