Universitat Internacional de Catalunya - Barcelona

Interacció de Biomolècules

• codi 13504
• curs 3
• període Semestre 2
• tipus OB
• credits 3

Matèria: EINES INFORMÀTIQUES BÀSIQUES EN SALUT

Llengua d'impartició principal: castellà

Altres llengües d'impartició: català, anglès

Responsable

Dr. Jordi VILLÀ - jvilla@uic.es

Horari d'atenció

La interacció amb el professorat es farà prèvia sol·licitud a través del correu electrònic: jvilla@uic.cat / 

Conèixer com les biomolècules interaccionen ens obre les portes a entendre mecanismes biològics de creixent complexitat. En aquest curs, després d’una introducció breu a les diferents tècniques experimentals d’estudi de les interaccions, usarem una aproximació purament bioinformàtica per analitzar les particularitats de les interaccions de les biomolècules i l’estudi de les bases de dades existents i finalitzarem amb l’ús de simulacions moleculars i docking per entendre amb més detall la base bioquímica i estructural d’aquestes interaccions.

Cal tenir un bon fonament de bioquímica i tenir capacitat d’entendre, desenvolupar i executar eines d’anàlisi bioinformàtica basades en Python i R.

L’objectiu central d’aquesta assignatura és desenvolupar un coneixement holístic de les característiques de les interaccions entre molècules d’interès biològic (proteïnes, àcids nucleics, metabòlits). En particular, en aquest curs, buscarem:

1. Conèixer la importància de la informació d’interacció molecular i ser capaços de proporcionar exemples de diferents tipus d’interacció molecular.

2. Conèixer les principals metodologies experimentals utilitzades per estudiar les interaccions proteïna-proteïna, així com les seves virtuts i limitacions.

3. Conèixer les bases de dades d’interaccions moleculars i aprendre a utilitzar-les.

4. Executar i comprendre metodologies de simulació molecular senzilles i de docking molecular.

General:

1. Treball en equip i responsabilitat
2. Capacitat d'adaptar-se a problemes complexos i de prendre decisions informades

Específic:

1. Adquirir capacitat per comprendre, desenvolupar i aplicar fluxos de treball computacionals per resoldre problemes biològics complexos.
2. Dominar la investigació basada en dades.
3. Desenvolupar habilitats per a la comunicació científica de forma escrita i oral, fent senzill allò que és complex.

1. Coneixement avançat de l’ús del repertori existent de bases de dades d’interacció de proteïnes.

2. Capacitat de desenvolupar eines computacionals en Python i R per a l’anàlisi de dades d’interacció de biomolècules.

3. Capacitat de realitzar treballs en equip per produir i comunicar recerca científica.

L’assignatura es divideix en tres mòduls.

Conferències:

1. Interacció de biomolècules

   1. Fonaments fisicoquímics

   2. Tècniques experimentals

2. Bases de dades d’interaccions moleculars

3. Dinàmica de les interaccions moleculars

Laboratori:

1. Bases de dades d’interaccions moleculars

2. L’ús de simulacions en l’estudi de les interaccions moleculars

3. Docking

PBL:

1. Anàlisi i discussió d’exemples reals d’interaccions moleculars en biomedicina

Structural Bioinformatics  2nd Edition Jenny Gu; Philip E. Bourne ISBN-10: 0470181052

Molecular Driving Forces: Statistical Thermodynamics in Biology, Chemistry, Physics, and Nanoscience, 2nd Edition; Ken A. Dill ISBN-10: 9780815344308 

Protein-protein interactions : methods and applications. Edited by Haian Fu. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004. xvi, 532. ISBN 1588291200.

Protein-ligand interactions : hydrodynamics and calorimetry : a practical approach. Edited by Stephen E. Harding - Babur Z. Chowdhry. 1st pub. Oxford: Oxford University Press, 2001. xxiv, 330. ISBN 0-19-963749-0.

Protein-ligand interactions : structure and spectroscopy : a practical approach. Edited by S. E. Harding - Babur Z. Chowdhry. 1st pub. Oxford: Oxford University Press, 2001. xxvi, 436. ISBN 0199637474.

E: data d'examen | R: data de revisió | 1: primera convocatòria | 2: segona convocatòria:

• E1 31/05/2021 11:00h I3
• E2 28/06/2021 14:00h