Universitat Internacional de Catalunya
Introducción a la Bioinformática
Otras lenguas de impartición: catalán, inglés
Profesorado
Las preguntas se responderán en persona antes o después de la clase, o por correo electrónico.
Profesoras:
- María José Falguera, MsC. mjfalaguera@uic.es
- Natalia Timoneda, PhD. ntimoneda@uic.es
- Cristina Gallego, PhD. cgallego@uic.es
Presentación
A diario se generan grandes cantidades de datos biomédicos, ya sea desde laboratorios de investigación, laboratorios clínicos o empresas privadas. Es necesario mejorar nuestra capacidad de entender y analizar este tipo de datos para aprovechar al máximo su capacidad de generar nuevos avances científicos y mejorar la atención a pacientes. Para quienes no son bioinformáticos, el manejo de grandes cantidades de datos sigue siendo una tarea desalentadora.
Este curso está diseñado para cubrir las habilidades bioinformáticas más básicas, que cualquier persona en el campo biomédico debe tener.
Requisitos previos
Para seguir esta asignatura, se necesitan conocimientos previos en genética, biomoléculas y biología molecular. Se recomienda encarecidamente tener experiencia adicional en el uso de ordenadores, navegadores web e Internet y en el uso de programas de hojas de cálculo.
Objetivos
El objetivo de este curso es adquirir una visión general de las herramientas bioinformáticas básicas en la investigación biomédica y la práctica clínica.
- Obtener una visión global del impacto de los datos y de cómo están cambiando la biología y la biomedicina.
- Entender la bioinformática como una herramienta transversal a múltiples disciplinas.
- Conocer y dominar las principales bases de datos biológicas públicas disponibles para la investigación biomédica.
- Introducir los conocimientos básicos de los lenguajes de programación y su relevancia en la biología moderna.
Competencias/Resultados de aprendizaje de la titulación
Competencias básicas
- Capacidad para comprender, desarrollar y aplicar flujos de trabajo computacionales para resolver problemas biológicos complejos.
- Entender cómo se realiza una investigación basada en datos.
- Comunicar de forma clara y precisa el proceso y los resultados de un proyecto.
Competencias generales
- Utilizar los recursos bioinformáticos más importantes en la investigación biomédica.
- Capacidad para identificar y utilizar de forma independiente las herramientas bioinformáticas adecuadas para cada proceso o compuesto biológico.
Competencias transversales
- Desarrollar la capacidad de organización y planificación adecuada al momento.
- Utilizar Internet como medio de comunicación y fuente de información.
- Saber comunicar, hacer presentaciones orales y escribir artículos científicos.
- Desarrollar la capacidad de resolver problemas.
Resultados de aprendizaje de la asignatura
Al final del curso, los estudiantes tendrán:
- Conocimiento general de las bases de datos biológicas existentes y de cómo utilizarlas.
- Conocimientos generales de programación y lenguajes de programación.
- Generar comunicaciones científicas que impliquen el uso de herramientas bioinformáticas.
Contenidos
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Unidad 1: Introducción a la biología computacional
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Unidad 2: Bases de datos biológicas
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Unidad 3: Herramientas bioinformáticas para la genética
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Unidad 4: Herramienta bioinformática para proteínas
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Unidad 5: Quimioinformática
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Unidad 6: Interacciones molécula-proteína
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Unidad 7: Biología de Sistemas
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Unidad 8: Fundamentos de la programación
Metodología y actividades formativas
Modalidad totalmente presencial en el aula
Conferencias: Presentación de temas teóricos y aspectos técnicos por parte del profesor.
Métodos de casos (MC): Presentación de una situación real o hipotética en pequeños grupos. Los alumnos trabajan junto al profesor para resolver cuestiones prácticas. El profesor interviene activamente y, si es necesario, aportar nuevos conocimientos.
Sesiones prácticas: En pequeños grupos, se evaluará la capacidad de los alumnos para utilizar de forma autónoma las herramientas presentadas en las clases magistrales y MC. Se llevarán a cabo actividades adicionales de debate sobre la idoneidad de las herramientas actuales y las posibles nuevas herramientas.
Educación Virtual (EV): Material online que el alumno puede consultar desde cualquier ordenador, en cualquier momento y que contribuirá al aprendizaje de conceptos relacionados con la asignatura.
Sistemas y criterios de evaluación
Modalidad totalmente presencial en el aula
- Conferencias: 30%
- Examen parcial: Unidades 1-4 (15%)
- Examen final: Unidades 5-8 (15%)
- Recuperación: Unidades 1-4 y/o Unidades 5-8
- MC: 40%
- Bloque I: Unidad 1-3 (~16%)
- Bloque II: Unidad 4-7 (~16%)
- Bloque III: Unidad 8 (~8%)
- Práctica: 30%
- 6 sesiones (5% de sesión)
* Los profesores se reservan hasta un 10% de la nota para otorgar por motivos subjetivos como: implicación, participación, respeto a las normas básicas, etc.
* Para aprobar el curso, el estudiante debe obtener una nota mínima de 5 en la sección de conferencias.
Bibliografía y recursos
- Applied Bioinformatics, 2nd Edition. Springer (2018). ISBN: 978-3-319-68299-0
- Biomedical Informatics, 4th Edition. Springer (2014). ISBN: 978-1-4471-4473-1
- Fundations of Programming Languages. 2nd Edition. Springer (2017). ISBN: 978-3-319-70789-1
- Bioinformatics with Python cookbook, 2nd Edition ISBN-10: 1789344697
- H. Wickham. R packages. O'Reailly, Sebastopol, 2015.
Periodo de evaluación
- E1 03/06/2022 A16 11:00h