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Universitat Internacional de Catalunya

Introducción a la Bioinformática

Introducción a la Bioinformática
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Segundo semestre
OB
HERRAMIENTAS INFORMÁTICAS BÁSICAS EN SALUD
Lengua de impartición principal: castellano

Otras lenguas de impartición: catalán, inglés

Profesorado


Las preguntas se responderán en persona antes o después de la clase, o por correo electrónico.

Profesores:



Presentación

A diario se generan grandes cantidades de datos biomédicos, ya sea desde laboratorios de investigación, laboratorios clínicos o empresas privadas. Es necesario mejorar nuestra capacidad de entender y analizar este tipo de datos para aprovechar al máximo su capacidad de generar nuevos avances científicos y mejorar la atención a pacientes. Para quienes no son bioinformáticos, el manejo de grandes cantidades de datos sigue siendo una tarea desalentadora. 

Este curso está diseñado para cubrir las habilidades bioinformáticas más básicas, que cualquier persona en el campo biomédico debe tener.

Requisitos previos

Para seguir esta asignatura, se necesitan conocimientos previos en genética, biomoléculas y biología molecular. Se recomienda encarecidamente tener experiencia adicional en el uso de ordenadores, navegadores web e Internet y en el uso de programas de hojas de cálculo.


Objetivos

El objetivo de este curso es adquirir una visión general de las herramientas bioinformáticas básicas en la investigación biomédica y la práctica clínica. 

  • Obtener una visión global del impacto de los datos y de cómo están cambiando la biología y la biomedicina.
  • Entender la bioinformática como una herramienta transversal a múltiples disciplinas.
  • Conocer y dominar las principales bases de datos biológicas públicas disponibles para la investigación biomédica.
  • Introducir los conocimientos básicos de los lenguajes de programación y su relevancia en la biología moderna.

Competencias/Resultados de aprendizaje de la titulación

  • CB01 - Que los estudiantes hayan demostrado poseer y comprender conocimientos en un área de estudio que parte de la base de la educación secundaria general, y se suele encontrar a un nivel que, si bien se apoya en libros de texto avanzados, incluye también algunos aspectos que implican conocimientos procedentes de la vanguardia de su campo de estudio.
  • CB03 - Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética.
  • CB04 - Que los estudiantes puedan transmitir información, ideas, problemas y soluciones a un público tanto especializado como no especializado.
  • CE17 - Identificar y saber utilizar las herramientas básicas del ámbito de la bioinformática y saber analizar la estructura e interacción de las principales biomoléculas.
  • CG04 - Utilizar las herramientas bioinformáticas propias del ámbito de la investigación biomédica.
  • CT01 - Desarrollar la capacidad de organización y planificación adecuadas al momento.
  • CT02 - Desarrollar la capacidad para la resolución de problemas.
  • CT03 - Desarrollar la capacidad de análisis y síntesis.
  • CT04 - Interpretar resultados experimentales e identificar elementos consistentes e inconsistentes.
  • CT05 - Usar internet como medio de comunicación y como fuente de información.
  • CT06 - Saber comunicar, hacer presentaciones y redactar trabajos científicos.
  • CT07 - Ser capaz de trabajar en equipo.
  • CT08 - Razonar y evaluar las situaciones y resultados desde un punto de vista crítico y constructivo.
  • CT09 - Tener la capacidad de desarrollar habilidades en las relaciones interpersonales.
  • CT10 - Ser capaz de llevar a cabo un aprendizaje autónomo.
  • CT11 - Aplicar los conocimientos teóricos a la práctica.
  • CT12 - Aplicar el método científico.
  • CT13 - Reconocer los aspectos generales y específicos relacionados con el campo de la nutrición y envejecimiento.
  • CT14 - Respetar los derechos fundamentales de igualdad entre hombres y mujeres, y la promoción de los derechos humanos y los valores propios de una cultura de paz y de valores democráticos.

Resultados de aprendizaje de la asignatura

Al final del curso, los estudiantes tendrán:

  1. Conocimiento general de las bases de datos biológicas existentes y de cómo utilizarlas.
  2. Conocimientos generales de programación y lenguajes de programación.
  3. Generar comunicaciones científicas que impliquen el uso de herramientas bioinformáticas.

Contenidos

  • Unidad 1: Introducción a la biología computacional

  • Unidad 2: Bases de datos biológicas

  • Unidad 3: Fundamentos de la programación

  • Unidad 4: Herramientas bioinformáticas para la genética

  • Unidad 5: Herramientas bioinformáticas para RNA

  • Unidad 6: Herramientas bioinformáticas para proteínas

  • Unidad 7: Interacciones molécula-proteína

  • Unidad 8: Herramientas bioinformáticas para edición genética

Metodología y actividades formativas

Modalidad totalmente presencial en el aula



Conferencias: Presentación de temas teóricos y aspectos técnicos por parte del profesor.

Métodos de casos (MC): Presentación de una situación real o hipotética en pequeños grupos. Los alumnos trabajan junto al profesor para resolver cuestiones prácticas. El profesor interviene activamente y, si es necesario, aportar nuevos conocimientos. 

Sesiones prácticas: En pequeños grupos, se evaluará la capacidad de los alumnos para utilizar de forma autónoma las herramientas presentadas en las clases magistrales y MC. 

Educación Virtual (EV): Material online que el alumno puede consultar desde cualquier ordenador, en cualquier momento y que contribuirá al aprendizaje de conceptos relacionados con la asignatura.

Sistemas y criterios de evaluación

Modalidad totalmente presencial en el aula



1) Alumnado en primera convocatoria:
  • Examen final: 40%
  • Resolución de métodos del caso: 30%
  • Resolución prácticas: 30%
El profesorado se reserva un 10% extra de la nota para concederla por argumentos subjetivos como la implicación, la participación, el respeto a las normas básicas, etc.
2) Alumnado en segunda o posterior convocatoria: los mismos criterios que en la primera convocatoria. Se guardará la nota de cualquiera de las partes aprobadas.
Puntos generales a tener en cuenta sobre el sistema de evaluación:
1) En todas las partes de la asignatura, se deberá obtener un 5 de nota mínima para poder promediar con las otras partes y la media deberá ser superior a 5. El examen final será tipo test con cuatro opciones de respuesta donde contará +1 los aciertos y -0,33 los errores.   2) Los métodos del caso se evaluarán con trabajos por cada bloque de temario. Cada bloque dispone de entre 2-3 sesiones y será necesario asistir a todas las sesiones de cada bloque para poder realizar la entrega posterior del trabajo correspondiente y sumar la parte evaluativa. La no asistencia o algún MC así como la no presentación del trabajo antes de la fecha límite correspondiente, supondrá un 0 en el porcentaje correspondiente. Por cada bloque es un 10% y hay hasta 5 bloques que acabarán sumando el 50% de la asignatura.
3) Las prácticas se evaluarán con trabajos que se realizarán in situ en cada práctica. Se deberá entregar el trabajo antes de salir del aula. La no asistencia o no presentación del trabajo durante la práctica correspondiente, supondrá un 0 en el porcentaje correspondiente. Cada práctica suma un 5% hasta un total de 6 prácticas que suman un 30%.
4) Asistencia a clase:
  • Se recomienda la asistencia regular a todas las clases.
  • La asistencia no es obligatoria, pero la no asistencia o no entrega a tiempo de los trabajos, puede perjudicar la nota del alumnado. Se promediará los casos evaluados de forma proporcional.
  • La expulsión de un alumno de cualquiera de las clases repercutirá negativamente en las evaluaciones.

5) En la concesión de las matrículas de honor, entre los candidatos se tendrá especial consideración su participación en las diferentes metodologías de la asignatura, así como el respeto por las normas básicas.
6) El uso indebido de aparatos electrónicos, como móviles, tabletas u ordenadores portátiles, puede comportar la expulsión de clase. Como uso indebido se entiende la grabación y difusión tanto del alumnado como del profesorado durante las diferentes lecciones, así como el uso de estos aparatos con fines lúdicos y no educativos.

Bibliografía y recursos

  1. Applied Bioinformatics, 2nd Edition. Springer (2018). ISBN: 978-3-319-68299-0
  2. Biomedical Informatics, 4th Edition. Springer (2014). ISBN:  978-1-4471-4473-1
  3. Fundations of Programming Languages. 2nd Edition. Springer (2017). ISBN: 978-3-319-70789-1
  4. Bioinformatics with Python cookbook, 2nd Edition ISBN-10: 1789344697
  5. H. Wickham. R packages. O'Reailly, Sebastopol, 2015.

Periodo de evaluación

E: fecha de examen | R: fecha de revisión | 1: primera convocatoria | 2: segunda convocatoria:
  • E2 25/06/2024 A04 11:00h