Universitat Internacional de Catalunya
Bases de Datos Biológicas
Otras lenguas de impartición: catalán, castellano
Profesorado
Presentación
La asignatura de Bases de Datos Biológicas tiene como objetivo conocer los diferentes tipos de bases de datos disponibles en el ámbito de las ciencias de la salud y aprender a utilizarlas para resolver problemas en el campo de la biomedicina. A lo largo del curso se amplían los contenidos introducidos en la asignatura “Introducción a la Bioinformática” y se profundiza en su aplicación para el acceso, la gestión y la interpretación de información biológica.
Esta asignatura contribuye a los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS) de la Agenda 2030, en particular a los ODS 3, 4, 9, 10 y 17:
- ODS 3 (Salud y Bienestar): al facilitar el uso de datos biológicos para mejorar el diagnóstico, tratamiento y prevención de enfermedades.
- ODS 4 (Educación de Calidad): al desarrollar competencias en el manejo de información científica y herramientas bioinformáticas.
- ODS 9 (Industria, Innovación e Infraestructura): al promover la innovación mediante el uso de bases de datos para investigación biomédica y desarrollo tecnológico.
- ODS 10 (Reducción de las Desigualdades): al promover el acceso abierto a datos y herramientas bioinformáticas, favoreciendo la igualdad de oportunidades en investigación.
- ODS 17 (Alianzas para lograr los objetivos): al fomentar el uso de recursos abiertos y la colaboración interdisciplinaria en la investigación.
Requisitos previos
Se recomienda haber cursado y superado:
- Introducción a la bioinformática
Objetivos
- Explicar las principales bases de datos biomédicas y sus portales web para acceder y explotar su información.
- Fomentar las competencias en la búsqueda, recopilación, procesamiento e interpretación de datos biomédicos para resolver problemas en el ámbito de las ciencias de la vida.
- Desarrollar el pensamiento crítico y la capacidad de análisis a partir de resultados científicos, valorando la calidad y limitaciones de los datos disponibles.
- Promover la autonomía y el aprendizaje continuo, así como la comunicación y el trabajo colaborativo en el manejo de información biomédica.
Competencias/Resultados de aprendizaje de la titulación
- CN14 - Identificar los principios de las ciencias biomédicas relacionados con la salud, así como los conceptos básicos y herramientas que tienen un impacto en las ciencias biomédicas y permiten trabajar en cualquiera de sus ámbitos (empresa biomédica, laboratorios de bioinformática, laboratorios de investigación, empresa de análisis clínicos, etc.).
- CP05 - Aplicar los fundamentos biológicos en la búsqueda de soluciones prácticas a problemas en el ámbito de la salud, siguiendo las normas éticas y de rigor científico y respetando los derechos fundamentales de igualdad entre hombres y mujeres, y la promoción de los derechos humanos y los valores propios de una cultura de paz y de valores democráticos que incluyen el fomento de un lenguaje inclusivo, no discriminatorio y libre de estereotipos.
Resultados de aprendizaje de la asignatura
Al acabar el curso, el alumnado debe:
- Analizar los problemas biomédicos e identificar los aspectos que requieren el uso de bases de datos.
- Obtener la información de interés de las principales bases de datos masivas (Big Data) del ámbito de las Ciencias Biomédicas.
- Reconocer los diferentes tipos de bases de datos disponibles en el área de las ciencias de la salud para resolver los problemas principales del campo de la biomedicina.
- Identificar los fundamentos de la recogida, procesamiento y análisis de grandes volúmenes de datos provenientes de investigaciones biomédicas.
- Aplicar las herramientas específicas que permitan la correcta extracción e interpretación de la información de las bases de datos.
Contenidos
1) Introducción a las bases de datos biológicas. Uso de los datos biomédicos en el ámbito de las ciencias de la vida. Tipos de datos disponibles en biomedicina. Principales bases de datos. Búsqueda de información en una base de datos.
2) Bases de datos bibliográficas. Base de datos bibliográfica MEDLINE. Vocabulario biomédico MeSH. Motor de búsqueda PubMed. Repositorio bibliográfico PubMed Central. Gestor bibliográfico Mendeley.
3) Bases de datos de nucleótidos: genomas, genes y tránscritos. INSDC: NCBI, EMBL-EBI y DDBJ. Genomas, genes y tránscritos en NCBI: Entrez, Nucleotide, GenBank, RefSeq; y en EMBL-EBI: ENA y Ensembl. Visualización de genomas en UCSC. Nomenclatura de genes en HGNC. Descripción de genes en Gene Cards. Secuencia codificante en CCDS.
4) Bases de datos de expresión y regulación génica. Expressión génica en GEO, Expression Atlas, Single Cell Expression Atlas y Single Cell Portal. Regulación génica en GTEx y ENCODE.
5) Bases de datos de proteínas. Secuencia de proteínas en UniProt, RefSeq y Ensembl. Dominios de proteína en InterPro, PROSITE y Pfam. Estructuras de proteínas en PDBe, RCSB PDB y AlphaFold. Interacción de proteínas en IntAct, STRING y BioGRID.
6) Bases de datos de redes. Función de genes en Gene Ontology. Rutas metabólicas en Reactome y KEGG.
7) Bases de datos de enfermedades, variabilidad genética y fármacos. Enfermedades en OMIM i Orphanet. Variabilidad genética en ClinVar, UniProt, gnomAD y dbSNP. Fármacos en DrugBank, PubChem y PHARMGKB.
Metodología y actividades formativas
Modalidad totalmente presencial en el aula
Modalidad totalmente presencial en el aula.
Los contenidos se impartirán utilizando tres metodologías o actividades formativas diferentes:
1. Clases magistrales – 8 horas: el profesorado transmite el conocimiento en un aula a todo el grupo de estudiantes.
2. Método del caso (MC) – 20 horas: el alumnado resuelve problemas que le serán proporcionados ese día por el profesorado. En el aula, el alumnado expone sus conclusiones con la participación activa del profesorado, que puede introducir nuevos conceptos siempre que sea necesario.
3. Clases prácticas – 12 horas: realización de ejercicios prácticos con el ordenador sobre conceptos estudiados en clases teóricas bajo la supervisión del profesorado.
Sistemas y criterios de evaluación
Modalidad totalmente presencial en el aula
Alumnos en primera convocatoria:
La nota final se compondrá de:
- Métodos del caso: 15%
- Informe de prácticas: 15%
- Examen parcial: 30%
- Examen final: 40%
Además:
1) Los exámenes serán tipo test con cuatro opciones de respuesta. Se otorgará 1 punto por cada respuesta correcta y se penalizará con 0,33 puntos cada respuesta incorrecta.
2) Para poder hacer media, se deberá obtener una nota mínima de 5 en el examen final. La nota mínima para aprovar la asginatura es de 5,
3) La asistencia a métodos del caso y prácticas es obligatoria. El carácter continuado de esta avaluación hace que no sea posible avaluar la asignatura si no se ha participado a un mínimo del 75% de las horas.
4) El uso indebido de aparatos electrónicos (como la grabación y difusión tanto del alumnado como del profesorado durante las diferentes lecciones, así como el uso de estos aparatos con fines lúdicos y no educativos) puede comportar la expulsión de clase.
5) La expulsión de un alumno del aula puede conllevar el suspenso de la asignatura.
Alumnos en segunda o posterior convocatoria: la nota de los métodos del caso y la nota de prácticas se guardará; y el examen final representará un 70% de la nota final. Los alumnos repetidores que deseen repetir el parcial en 3 o 5 convocatoria, podrán realizarlo comunicándolo previamente al profesor titular.
Bibliografía y recursos
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/tutorials/
https://www.ensembl.org/info/index.html
https://www.ebi.ac.uk/training/online/
Andreas D. Baxevanis (Editor) , B. F. Francis Ouellette (Editor) (2004). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (3 ed.). Wiley.
Model, Mitchell L. (2010). Bioinformatics programming using Python (1 ed.). O’Reilly .
Periodo de evaluación
- E1 21/01/2026 I3 18:00h
- E2 22/06/2026 I3 18:00h