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Nuestro equipo docente e investigador
CHOROSTECKI, Uciel Pablo

CHOROSTECKI, Uciel Pablo

Professor Colaborador
Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud
Departamento de Ciencias Biomédicas
researchgroups.uic.es/computational-rna-biology/

Contacto

upchorostecki@uic.es
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  • Formación académica
  • Experiencia profesional
  • Publicaciones
    • Artículos
  • Asignaturas impartidas
Doctor Ciencias Biológicas, UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO
Licenciado en Ciencias de la Computación, UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO
Líder de Grupo del Laboratorio de Biología Computacional de ARN. Cofundador y CSO Kresko RNAtech
2019 - 2022 Beca JdC-Incorporacion 2019-2022. Barcelona Supercomputing Centre (BSC)
2017 - 2019 Beca MSCA-IF 2017-2019. Centro de Regulación Genómica (CRG)
2016 - 2017 Beca postdoctoral Bunge Y Born 2016-2017. IBR Rosario, Argentina
  • Nucleic acids research, SIREs 3.0, an improved RNA prediction tool for iron-responsive elements
    Nombre: Suarez, C.; Navarro, M.; Chorostecki, U.; Sánchez, M. Rol: Autor Fecha de publicación: 2025
    DOI: 10.1093/nar/gkaf390 ISSN o título: 0305-1048
  • Nucleic acids research, Principles of miRNA/miRNA* function in plant MIRNA processing
    Nombre: Rosatti, S.; Rojas, A.; Moro, B.; Suarez, I.; Bologna, N.; Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2024
    Página de inicio: 8356 Página final: 8369 Vol.: 52 Núm.: 14
    DOI: 10.1093/nar/gkae458 ISSN o título: 0305-1048
  • Briefings in Bioinformatics, sincFold: end-to-end learning of short- and long-range interactions in RNA secondary structure
    Nombre: Bugnon, L.; Di Persia, L.; Gerard, M.; Raad, J.; Prochetto, S.; Fenoy, E.; Chorostecki, U.; Ariel, F.; Stegmayer, G.; Milone, D. Rol: Autor Fecha de publicación: 2024
    Vol.: 25 Núm.: 4
    DOI: 10.1093/bib/bbae271 ISSN o título: 1477-4054
  • Frontiers in Microbiology, Probing RNA structural landscapes across Candida yeast genomes
    Nombre: Chorostecki, U.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2024
    Vol.: 15
    DOI: 10.3389/fmicb.2024.1362067 ISSN o título: 1664-302X
  • EMBO Journal, The plant noncoding transcriptome: a versatile environmental sensor
    Nombre: Chorostecki, U.; Bologna, N.; Ariel, F. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Vol.: 42
    DOI: 10.15252/embj.2023114400 ISSN o título: 1460-2075
  • Briefings in bioinformatics, Secondary structure prediction of long noncoding RNA: review and experimental comparison of existing approaches
    Nombre: Bugnon, L.; Edera, A.; Prochetto, S.; Gerard, M.; Raad, J.; Fenoy, E.; Rubiolo, M.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T.; Ariel, F.; Di Persia, L.; Milone, D.; Stegmayer, G. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Página de inicio: 1 Página final: 14 Vol.: 23 Núm.: 4
    DOI: 10.1093/bib/bbac205 ISSN o título: 1467-5463
  • Journal Molecular Biology, EvolClustDB: Exploring Eukaryotic Gene Clusters with Evolutionarily Conserved Genomic Neighbourhoods
    Nombre: Marcet, M.; Collado, I.; Fuentes, D.; Gómez, A.; Molina, M.; Garisoain, A.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Vol.: 435 Núm.: 14
    DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168013 ISSN o título: 0022-2836 1089-8638
  • IUBMB life, A hybrid approach to assess the structural impact of long noncoding RNA mutations uncovers key NEAT1 interactions in colorectal cancer
    Nombre: Aydın, E.; Saus, E.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Página de inicio: 566 Página final: 579 Vol.: 75 Núm.: 7
    DOI: 10.1002/iub.2710 ISSN o título: 1521-6543
  • Nucleic acids research, PhylomeDB V5: an expanding repository for genome-wide catalogues of annotated gene phylogenies
    Nombre: Fuentes, D.; Molina, M.; Chorostecki, U.; Capella, S.; Marcet, M.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Página de inicio: D1062 Página final: D1068 Vol.: 50 Núm.: D1
    DOI: 10.1093/nar/gkab966 ISSN o título: 0305-1048
  • Methods in Molecular Biology, Profiling of RNA Structure at Single-Nucleotide Resolution Using nextPARS
    Nombre: Chorostecki, U.; Willis, J.; Saus, E.; Gabaldon, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Página de inicio: 51 Página final: 62 Vol.: 2284
    DOI: 10.1007/978-1-0716-1307-8_4 ISSN o título: 1940-6029 10643745
  • Computational and structural biotechnology journal, Structural characterization of NORAD reveals a stabilizing role of spacers and two new repeat units
    Nombre: Chorostecki, U.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2021
    Página de inicio: 3245 Página final: 3254 Vol.: 19
    DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.045 ISSN o título: 2001-0370
  • Nature communications, Identification of key sequence features required for microRNA biogenesis in plants
    Nombre: Chorostecki, U.; Rojas, A.; Drusin, S.; Mateos, J.; Moro, B.; Bologna, N.; Bresso, E.; Schapire, A.; Rasia, R.; Moreno, D.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2020
    Vol.: 11
    DOI: 10.1038/s41467-020-19129-6 ISSN o título: 2041-1723
  • Nucleic acids research, MetaPhOrs 2.0: integrative, phylogeny-based inference of orthology and paralogy across the tree of life
    Nombre: Chorostecki, U.; Molina, M.; Pryszcz, L.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2020
    Página de inicio: W553 Página final: W557 Vol.: 48 Núm.: W1
    DOI: 10.1093/nar/gkaa282 ISSN o título: 0305-1048
  • RNA biology, Transcriptomic analyses reveal groups of co-expressed, syntenic lncRNAs in four species of the genus Caenorhabditis
    Nombre: Pegueroles, C.; Iraola, S.; Chorostecki, U.; Ksiezopolska, E.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2019
    Página de inicio: 320 Página final: 329 Vol.: 16 Núm.: 3
    DOI: 10.1080/15476286.2019.1572438 ISSN o título: 1547-6286
  • Nucleic acids research, Efficiency and precision of microRNA biogenesis modes in plants
    Nombre: Moro, B.; Chorostecki, U.; Arikit, S.; Suarez, I.; Höbartner, C.; Rasia, R.; Meyers, B.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2018
    Página de inicio: 10709 Página final: 10723 Vol.: 46 Núm.: 20
    DOI: 10.1093/nar/gky853 ISSN o título: 0305-1048
  • Plant physiology, Spatial Control of Gene Expression by miR319-Regulated TCP Transcription Factors in Leaf Development
    Nombre: Bresso, E.; Chorostecki, U.; Rodriguez, R.; Palatnik, J.; Schommer, C. Rol: Autor Fecha de publicación: 2018
    Página de inicio: 1694 Página final: 1708 Vol.: 176 Núm.: 2
    DOI: 10.1104/pp.17.00823 ISSN o título: 0032-0889
  • Plant cell, Evolutionary Footprints Reveal Insights into Plant MicroRNA Biogenesis
    Nombre: Chorostecki, U.; Moro, B.; Rojas, A.; Debernardi, J.; Schapire, A.; Notredame, C.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2017
    Página de inicio: 1248 Página final: 1261 Vol.: 29 Núm.: 6
    DOI: 10.1105/tpc.17.00272 ISSN o título: 1040-4651
  • Bioinformatics, comTAR: a web tool for the prediction and characterization of conserved microRNA targets in plants
    Nombre: Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2014
    Página de inicio: 2066 Página final: 2067 Vol.: 30 Núm.: 14
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btu147 ISSN o título: 1367-4803
  • Genome research, Multiple RNA recognition patterns during microRNA biogenesis in plants
    Nombre: Bologna, N.; Schapire, A.; Zhai, J.; Chorostecki, U.; Boisbouvier, J.; Meyers, B.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2013
    Página de inicio: 1675 Página final: 1689 Vol.: 23 Núm.: 10
    DOI: 10.1101/gr.153387.112 ISSN o título: 1054-9803
  • Nucleic acids research, Identification of new microRNA-regulated genes by conserved targeting in plant species
    Nombre: Chorostecki, U.; Crosa, V.; Lodeyro, A.; Bologna, N.; Martin, A.; Carrillo, N.; Schommer, C.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2012
    Página de inicio: 8893 Página final: 8904 Vol.: 40 Núm.: 18
    DOI: 10.1093/nar/gks625 ISSN o título: 0305-1048
  • CURRENT BIOLOGY, Identification of microRNA processing determinants by random mutagenesis of Arabidopsis MIR172a precursor
    Nombre: Mateos, J.; Bologna, N.; Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2010
    Página de inicio: 49 Página final: 54 Vol.: 20 Núm.: 1
    DOI: 10.1016/j.cub.2009.10.072 ISSN o título: 1879-0445
Curso 2025-2026 - Período: 01/09/2025 - 31/08/2026
  • Grado
    Grado en Ciencias Biomédicas
    • - Introducción a la Bioinformática
    • - Trabajo Final de Grado
    • - Prácticas Externas de Laboratorio
  • Otros
    Máster de Formación Permanente en Gestión en la Empresa Biomédica
    • - Capacidades Transversales: Gestión de Proyectos, Negociación y Comunicación
Curso 2024-2025 - Período: 01/09/2024 - 31/08/2025
  • Grado
    Grado en Ciencias Biomédicas
    • - Introducción a la Bioinformática
    • - Trabajo Final de Grado
Curso 2023-2024 - Período: 01/09/2023 - 31/08/2024
  • Grado
    Grado en Ciencias Biomédicas
    • - Bioinformática para Ómicas

Formación académica

Doctor Ciencias Biológicas, UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO
Licenciado en Ciencias de la Computación, UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO

Experiencia profesional

Líder de Grupo del Laboratorio de Biología Computacional de ARN. Cofundador y CSO Kresko RNAtech
2019 - 2022 Beca JdC-Incorporacion 2019-2022. Barcelona Supercomputing Centre (BSC)
2017 - 2019 Beca MSCA-IF 2017-2019. Centro de Regulación Genómica (CRG)
2016 - 2017 Beca postdoctoral Bunge Y Born 2016-2017. IBR Rosario, Argentina

Publicaciones

Artículos

  • Nucleic acids research, SIREs 3.0, an improved RNA prediction tool for iron-responsive elements
    Nombre: Suarez, C.; Navarro, M.; Chorostecki, U.; Sánchez, M. Rol: Autor Fecha de publicación: 2025
    DOI: 10.1093/nar/gkaf390 ISSN o título: 0305-1048
  • Nucleic acids research, Principles of miRNA/miRNA* function in plant MIRNA processing
    Nombre: Rosatti, S.; Rojas, A.; Moro, B.; Suarez, I.; Bologna, N.; Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2024
    Página de inicio: 8356 Página final: 8369 Vol.: 52 Núm.: 14
    DOI: 10.1093/nar/gkae458 ISSN o título: 0305-1048
  • Briefings in Bioinformatics, sincFold: end-to-end learning of short- and long-range interactions in RNA secondary structure
    Nombre: Bugnon, L.; Di Persia, L.; Gerard, M.; Raad, J.; Prochetto, S.; Fenoy, E.; Chorostecki, U.; Ariel, F.; Stegmayer, G.; Milone, D. Rol: Autor Fecha de publicación: 2024
    Vol.: 25 Núm.: 4
    DOI: 10.1093/bib/bbae271 ISSN o título: 1477-4054
  • Frontiers in Microbiology, Probing RNA structural landscapes across Candida yeast genomes
    Nombre: Chorostecki, U.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2024
    Vol.: 15
    DOI: 10.3389/fmicb.2024.1362067 ISSN o título: 1664-302X
  • EMBO Journal, The plant noncoding transcriptome: a versatile environmental sensor
    Nombre: Chorostecki, U.; Bologna, N.; Ariel, F. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Vol.: 42
    DOI: 10.15252/embj.2023114400 ISSN o título: 1460-2075
  • Briefings in bioinformatics, Secondary structure prediction of long noncoding RNA: review and experimental comparison of existing approaches
    Nombre: Bugnon, L.; Edera, A.; Prochetto, S.; Gerard, M.; Raad, J.; Fenoy, E.; Rubiolo, M.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T.; Ariel, F.; Di Persia, L.; Milone, D.; Stegmayer, G. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Página de inicio: 1 Página final: 14 Vol.: 23 Núm.: 4
    DOI: 10.1093/bib/bbac205 ISSN o título: 1467-5463
  • Journal Molecular Biology, EvolClustDB: Exploring Eukaryotic Gene Clusters with Evolutionarily Conserved Genomic Neighbourhoods
    Nombre: Marcet, M.; Collado, I.; Fuentes, D.; Gómez, A.; Molina, M.; Garisoain, A.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Vol.: 435 Núm.: 14
    DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168013 ISSN o título: 0022-2836 1089-8638
  • IUBMB life, A hybrid approach to assess the structural impact of long noncoding RNA mutations uncovers key NEAT1 interactions in colorectal cancer
    Nombre: Aydın, E.; Saus, E.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Página de inicio: 566 Página final: 579 Vol.: 75 Núm.: 7
    DOI: 10.1002/iub.2710 ISSN o título: 1521-6543
  • Nucleic acids research, PhylomeDB V5: an expanding repository for genome-wide catalogues of annotated gene phylogenies
    Nombre: Fuentes, D.; Molina, M.; Chorostecki, U.; Capella, S.; Marcet, M.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Página de inicio: D1062 Página final: D1068 Vol.: 50 Núm.: D1
    DOI: 10.1093/nar/gkab966 ISSN o título: 0305-1048
  • Methods in Molecular Biology, Profiling of RNA Structure at Single-Nucleotide Resolution Using nextPARS
    Nombre: Chorostecki, U.; Willis, J.; Saus, E.; Gabaldon, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2023
    Página de inicio: 51 Página final: 62 Vol.: 2284
    DOI: 10.1007/978-1-0716-1307-8_4 ISSN o título: 1940-6029 10643745
  • Computational and structural biotechnology journal, Structural characterization of NORAD reveals a stabilizing role of spacers and two new repeat units
    Nombre: Chorostecki, U.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2021
    Página de inicio: 3245 Página final: 3254 Vol.: 19
    DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.045 ISSN o título: 2001-0370
  • Nature communications, Identification of key sequence features required for microRNA biogenesis in plants
    Nombre: Chorostecki, U.; Rojas, A.; Drusin, S.; Mateos, J.; Moro, B.; Bologna, N.; Bresso, E.; Schapire, A.; Rasia, R.; Moreno, D.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2020
    Vol.: 11
    DOI: 10.1038/s41467-020-19129-6 ISSN o título: 2041-1723
  • Nucleic acids research, MetaPhOrs 2.0: integrative, phylogeny-based inference of orthology and paralogy across the tree of life
    Nombre: Chorostecki, U.; Molina, M.; Pryszcz, L.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2020
    Página de inicio: W553 Página final: W557 Vol.: 48 Núm.: W1
    DOI: 10.1093/nar/gkaa282 ISSN o título: 0305-1048
  • RNA biology, Transcriptomic analyses reveal groups of co-expressed, syntenic lncRNAs in four species of the genus Caenorhabditis
    Nombre: Pegueroles, C.; Iraola, S.; Chorostecki, U.; Ksiezopolska, E.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Fecha de publicación: 2019
    Página de inicio: 320 Página final: 329 Vol.: 16 Núm.: 3
    DOI: 10.1080/15476286.2019.1572438 ISSN o título: 1547-6286
  • Nucleic acids research, Efficiency and precision of microRNA biogenesis modes in plants
    Nombre: Moro, B.; Chorostecki, U.; Arikit, S.; Suarez, I.; Höbartner, C.; Rasia, R.; Meyers, B.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2018
    Página de inicio: 10709 Página final: 10723 Vol.: 46 Núm.: 20
    DOI: 10.1093/nar/gky853 ISSN o título: 0305-1048
  • Plant physiology, Spatial Control of Gene Expression by miR319-Regulated TCP Transcription Factors in Leaf Development
    Nombre: Bresso, E.; Chorostecki, U.; Rodriguez, R.; Palatnik, J.; Schommer, C. Rol: Autor Fecha de publicación: 2018
    Página de inicio: 1694 Página final: 1708 Vol.: 176 Núm.: 2
    DOI: 10.1104/pp.17.00823 ISSN o título: 0032-0889
  • Plant cell, Evolutionary Footprints Reveal Insights into Plant MicroRNA Biogenesis
    Nombre: Chorostecki, U.; Moro, B.; Rojas, A.; Debernardi, J.; Schapire, A.; Notredame, C.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2017
    Página de inicio: 1248 Página final: 1261 Vol.: 29 Núm.: 6
    DOI: 10.1105/tpc.17.00272 ISSN o título: 1040-4651
  • Bioinformatics, comTAR: a web tool for the prediction and characterization of conserved microRNA targets in plants
    Nombre: Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2014
    Página de inicio: 2066 Página final: 2067 Vol.: 30 Núm.: 14
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btu147 ISSN o título: 1367-4803
  • Genome research, Multiple RNA recognition patterns during microRNA biogenesis in plants
    Nombre: Bologna, N.; Schapire, A.; Zhai, J.; Chorostecki, U.; Boisbouvier, J.; Meyers, B.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2013
    Página de inicio: 1675 Página final: 1689 Vol.: 23 Núm.: 10
    DOI: 10.1101/gr.153387.112 ISSN o título: 1054-9803
  • Nucleic acids research, Identification of new microRNA-regulated genes by conserved targeting in plant species
    Nombre: Chorostecki, U.; Crosa, V.; Lodeyro, A.; Bologna, N.; Martin, A.; Carrillo, N.; Schommer, C.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2012
    Página de inicio: 8893 Página final: 8904 Vol.: 40 Núm.: 18
    DOI: 10.1093/nar/gks625 ISSN o título: 0305-1048
  • CURRENT BIOLOGY, Identification of microRNA processing determinants by random mutagenesis of Arabidopsis MIR172a precursor
    Nombre: Mateos, J.; Bologna, N.; Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Fecha de publicación: 2010
    Página de inicio: 49 Página final: 54 Vol.: 20 Núm.: 1
    DOI: 10.1016/j.cub.2009.10.072 ISSN o título: 1879-0445
Curso 2025-2026 - Período: 01/09/2025 - 31/08/2026
  • Grado
    Grado en Ciencias Biomédicas
    • - Introducción a la Bioinformática
    • - Trabajo Final de Grado
    • - Prácticas Externas de Laboratorio
  • Otros
    Máster de Formación Permanente en Gestión en la Empresa Biomédica
    • - Capacidades Transversales: Gestión de Proyectos, Negociación y Comunicación
Curso 2024-2025 - Período: 01/09/2024 - 31/08/2025
  • Grado
    Grado en Ciencias Biomédicas
    • - Introducción a la Bioinformática
    • - Trabajo Final de Grado
Curso 2023-2024 - Período: 01/09/2023 - 31/08/2024
  • Grado
    Grado en Ciencias Biomédicas
    • - Bioinformática para Ómicas