Torna al directori
El nostre equip docent i investigador
CHOROSTECKI, Uciel Pablo

CHOROSTECKI, Uciel Pablo

Professor Col·laborador
Facultat de Medicina i Ciències de la Salut
Departament de Ciències Biomèdiques
researchgroups.uic.es/computational-rna-biology/

Contacte

upchorostecki@uic.es
ORCID
linkedin
  • Formació acadèmica
  • Experiència professional
  • Publicacions
    • Articles
  • Assignatures impartides
Doctor Ciències Biològiques, UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO
Llicenciat Ciencias de la Computación, UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO
Líder del grup del Laboratori de Biologia de l'ARN Computacional. Cofundador i CSO Kresko RNAtech
2019 - 2022 Becari JdC-Incorporació. Barcelona Supercomputing Center (BSC)
2017 - 2019 Becari MSCA-IF. Centre de Regulació Genòmica (CRG)
2016 - 2017 Bunge Y Born Postdoctoral Fellow. IBR Rosario, Argentina
  • Nucleic acids research, SIREs 3.0, an improved RNA prediction tool for iron-responsive elements
    Nom: Suarez, C.; Navarro, M.; Chorostecki, U.; Sánchez, M. Rol: Autor Data de publicació: 2025
    DOI: 10.1093/nar/gkaf390 ISSN o títol: 0305-1048
  • Nucleic acids research, Principles of miRNA/miRNA* function in plant MIRNA processing
    Nom: Rosatti, S.; Rojas, A.; Moro, B.; Suarez, I.; Bologna, N.; Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2024
    Pàgina d'inici: 8356 Pàgina final: 8369 Vol.: 52 Núm.: 14
    DOI: 10.1093/nar/gkae458 ISSN o títol: 0305-1048
  • Briefings in Bioinformatics, sincFold: end-to-end learning of short- and long-range interactions in RNA secondary structure
    Nom: Bugnon, L.; Di Persia, L.; Gerard, M.; Raad, J.; Prochetto, S.; Fenoy, E.; Chorostecki, U.; Ariel, F.; Stegmayer, G.; Milone, D. Rol: Autor Data de publicació: 2024
    Vol.: 25 Núm.: 4
    DOI: 10.1093/bib/bbae271 ISSN o títol: 1477-4054
  • Frontiers in Microbiology, Probing RNA structural landscapes across Candida yeast genomes
    Nom: Chorostecki, U.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2024
    Vol.: 15
    DOI: 10.3389/fmicb.2024.1362067 ISSN o títol: 1664-302X
  • EMBO Journal, The plant noncoding transcriptome: a versatile environmental sensor
    Nom: Chorostecki, U.; Bologna, N.; Ariel, F. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Vol.: 42
    DOI: 10.15252/embj.2023114400 ISSN o títol: 1460-2075
  • Briefings in bioinformatics, Secondary structure prediction of long noncoding RNA: review and experimental comparison of existing approaches
    Nom: Bugnon, L.; Edera, A.; Prochetto, S.; Gerard, M.; Raad, J.; Fenoy, E.; Rubiolo, M.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T.; Ariel, F.; Di Persia, L.; Milone, D.; Stegmayer, G. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Pàgina d'inici: 1 Pàgina final: 14 Vol.: 23 Núm.: 4
    DOI: 10.1093/bib/bbac205 ISSN o títol: 1467-5463
  • Journal Molecular Biology, EvolClustDB: Exploring Eukaryotic Gene Clusters with Evolutionarily Conserved Genomic Neighbourhoods
    Nom: Marcet, M.; Collado, I.; Fuentes, D.; Gómez, A.; Molina, M.; Garisoain, A.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Vol.: 435 Núm.: 14
    DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168013 ISSN o títol: 0022-2836 1089-8638
  • IUBMB life, A hybrid approach to assess the structural impact of long noncoding RNA mutations uncovers key NEAT1 interactions in colorectal cancer
    Nom: Aydın, E.; Saus, E.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Pàgina d'inici: 566 Pàgina final: 579 Vol.: 75 Núm.: 7
    DOI: 10.1002/iub.2710 ISSN o títol: 1521-6543
  • Nucleic acids research, PhylomeDB V5: an expanding repository for genome-wide catalogues of annotated gene phylogenies
    Nom: Fuentes, D.; Molina, M.; Chorostecki, U.; Capella, S.; Marcet, M.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Pàgina d'inici: D1062 Pàgina final: D1068 Vol.: 50 Núm.: D1
    DOI: 10.1093/nar/gkab966 ISSN o títol: 0305-1048
  • Methods in Molecular Biology, Profiling of RNA Structure at Single-Nucleotide Resolution Using nextPARS
    Nom: Chorostecki, U.; Willis, J.; Saus, E.; Gabaldon, T. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Pàgina d'inici: 51 Pàgina final: 62 Vol.: 2284
    DOI: 10.1007/978-1-0716-1307-8_4 ISSN o títol: 1940-6029 10643745
  • Computational and structural biotechnology journal, Structural characterization of NORAD reveals a stabilizing role of spacers and two new repeat units
    Nom: Chorostecki, U.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2021
    Pàgina d'inici: 3245 Pàgina final: 3254 Vol.: 19
    DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.045 ISSN o títol: 2001-0370
  • Nature communications, Identification of key sequence features required for microRNA biogenesis in plants
    Nom: Chorostecki, U.; Rojas, A.; Drusin, S.; Mateos, J.; Moro, B.; Bologna, N.; Bresso, E.; Schapire, A.; Rasia, R.; Moreno, D.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2020
    Vol.: 11
    DOI: 10.1038/s41467-020-19129-6 ISSN o títol: 2041-1723
  • Nucleic acids research, MetaPhOrs 2.0: integrative, phylogeny-based inference of orthology and paralogy across the tree of life
    Nom: Chorostecki, U.; Molina, M.; Pryszcz, L.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2020
    Pàgina d'inici: W553 Pàgina final: W557 Vol.: 48 Núm.: W1
    DOI: 10.1093/nar/gkaa282 ISSN o títol: 0305-1048
  • RNA biology, Transcriptomic analyses reveal groups of co-expressed, syntenic lncRNAs in four species of the genus Caenorhabditis
    Nom: Pegueroles, C.; Iraola, S.; Chorostecki, U.; Ksiezopolska, E.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2019
    Pàgina d'inici: 320 Pàgina final: 329 Vol.: 16 Núm.: 3
    DOI: 10.1080/15476286.2019.1572438 ISSN o títol: 1547-6286
  • Nucleic acids research, Efficiency and precision of microRNA biogenesis modes in plants
    Nom: Moro, B.; Chorostecki, U.; Arikit, S.; Suarez, I.; Höbartner, C.; Rasia, R.; Meyers, B.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2018
    Pàgina d'inici: 10709 Pàgina final: 10723 Vol.: 46 Núm.: 20
    DOI: 10.1093/nar/gky853 ISSN o títol: 0305-1048
  • Plant physiology, Spatial Control of Gene Expression by miR319-Regulated TCP Transcription Factors in Leaf Development
    Nom: Bresso, E.; Chorostecki, U.; Rodriguez, R.; Palatnik, J.; Schommer, C. Rol: Autor Data de publicació: 2018
    Pàgina d'inici: 1694 Pàgina final: 1708 Vol.: 176 Núm.: 2
    DOI: 10.1104/pp.17.00823 ISSN o títol: 0032-0889
  • Plant cell, Evolutionary Footprints Reveal Insights into Plant MicroRNA Biogenesis
    Nom: Chorostecki, U.; Moro, B.; Rojas, A.; Debernardi, J.; Schapire, A.; Notredame, C.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2017
    Pàgina d'inici: 1248 Pàgina final: 1261 Vol.: 29 Núm.: 6
    DOI: 10.1105/tpc.17.00272 ISSN o títol: 1040-4651
  • Bioinformatics, comTAR: a web tool for the prediction and characterization of conserved microRNA targets in plants
    Nom: Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2014
    Pàgina d'inici: 2066 Pàgina final: 2067 Vol.: 30 Núm.: 14
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btu147 ISSN o títol: 1367-4803
  • Genome research, Multiple RNA recognition patterns during microRNA biogenesis in plants
    Nom: Bologna, N.; Schapire, A.; Zhai, J.; Chorostecki, U.; Boisbouvier, J.; Meyers, B.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2013
    Pàgina d'inici: 1675 Pàgina final: 1689 Vol.: 23 Núm.: 10
    DOI: 10.1101/gr.153387.112 ISSN o títol: 1054-9803
  • Nucleic acids research, Identification of new microRNA-regulated genes by conserved targeting in plant species
    Nom: Chorostecki, U.; Crosa, V.; Lodeyro, A.; Bologna, N.; Martin, A.; Carrillo, N.; Schommer, C.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2012
    Pàgina d'inici: 8893 Pàgina final: 8904 Vol.: 40 Núm.: 18
    DOI: 10.1093/nar/gks625 ISSN o títol: 0305-1048
  • CURRENT BIOLOGY, Identification of microRNA processing determinants by random mutagenesis of Arabidopsis MIR172a precursor
    Nom: Mateos, J.; Bologna, N.; Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2010
    Pàgina d'inici: 49 Pàgina final: 54 Vol.: 20 Núm.: 1
    DOI: 10.1016/j.cub.2009.10.072 ISSN o títol: 1879-0445
Curs 2025-2026 - Període: 01/09/2025 - 31/08/2026
  • Grau
    Grau en Ciències Biomèdiques
    • - Introducció a la Bioinformàtica
    • - Treball de Fi de Grau
    • - Pràctiques Externes de Laboratori
  • Altres
    Màster de Formació Permanent en Gestió a l'Empresa Biomèdica
    • - Capacidades Transversales: Gestión de Proyectos, Negociación y Comunicación
Curs 2024-2025 - Període: 01/09/2024 - 31/08/2025
  • Grau
    Grau en Ciències Biomèdiques
    • - Introducció a la Bioinformàtica
    • - Treball de Fi de Grau
Curs 2023-2024 - Període: 01/09/2023 - 31/08/2024
  • Grau
    Grau en Ciències Biomèdiques
    • - Bioinformàtica per Òmiques

Formació acadèmica

Doctor Ciències Biològiques, UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO
Llicenciat Ciencias de la Computación, UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO

Experiència professional

Líder del grup del Laboratori de Biologia de l'ARN Computacional. Cofundador i CSO Kresko RNAtech
2019 - 2022 Becari JdC-Incorporació. Barcelona Supercomputing Center (BSC)
2017 - 2019 Becari MSCA-IF. Centre de Regulació Genòmica (CRG)
2016 - 2017 Bunge Y Born Postdoctoral Fellow. IBR Rosario, Argentina

Publicacions

Articles

  • Nucleic acids research, SIREs 3.0, an improved RNA prediction tool for iron-responsive elements
    Nom: Suarez, C.; Navarro, M.; Chorostecki, U.; Sánchez, M. Rol: Autor Data de publicació: 2025
    DOI: 10.1093/nar/gkaf390 ISSN o títol: 0305-1048
  • Nucleic acids research, Principles of miRNA/miRNA* function in plant MIRNA processing
    Nom: Rosatti, S.; Rojas, A.; Moro, B.; Suarez, I.; Bologna, N.; Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2024
    Pàgina d'inici: 8356 Pàgina final: 8369 Vol.: 52 Núm.: 14
    DOI: 10.1093/nar/gkae458 ISSN o títol: 0305-1048
  • Briefings in Bioinformatics, sincFold: end-to-end learning of short- and long-range interactions in RNA secondary structure
    Nom: Bugnon, L.; Di Persia, L.; Gerard, M.; Raad, J.; Prochetto, S.; Fenoy, E.; Chorostecki, U.; Ariel, F.; Stegmayer, G.; Milone, D. Rol: Autor Data de publicació: 2024
    Vol.: 25 Núm.: 4
    DOI: 10.1093/bib/bbae271 ISSN o títol: 1477-4054
  • Frontiers in Microbiology, Probing RNA structural landscapes across Candida yeast genomes
    Nom: Chorostecki, U.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2024
    Vol.: 15
    DOI: 10.3389/fmicb.2024.1362067 ISSN o títol: 1664-302X
  • EMBO Journal, The plant noncoding transcriptome: a versatile environmental sensor
    Nom: Chorostecki, U.; Bologna, N.; Ariel, F. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Vol.: 42
    DOI: 10.15252/embj.2023114400 ISSN o títol: 1460-2075
  • Briefings in bioinformatics, Secondary structure prediction of long noncoding RNA: review and experimental comparison of existing approaches
    Nom: Bugnon, L.; Edera, A.; Prochetto, S.; Gerard, M.; Raad, J.; Fenoy, E.; Rubiolo, M.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T.; Ariel, F.; Di Persia, L.; Milone, D.; Stegmayer, G. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Pàgina d'inici: 1 Pàgina final: 14 Vol.: 23 Núm.: 4
    DOI: 10.1093/bib/bbac205 ISSN o títol: 1467-5463
  • Journal Molecular Biology, EvolClustDB: Exploring Eukaryotic Gene Clusters with Evolutionarily Conserved Genomic Neighbourhoods
    Nom: Marcet, M.; Collado, I.; Fuentes, D.; Gómez, A.; Molina, M.; Garisoain, A.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Vol.: 435 Núm.: 14
    DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168013 ISSN o títol: 0022-2836 1089-8638
  • IUBMB life, A hybrid approach to assess the structural impact of long noncoding RNA mutations uncovers key NEAT1 interactions in colorectal cancer
    Nom: Aydın, E.; Saus, E.; Chorostecki, U.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Pàgina d'inici: 566 Pàgina final: 579 Vol.: 75 Núm.: 7
    DOI: 10.1002/iub.2710 ISSN o títol: 1521-6543
  • Nucleic acids research, PhylomeDB V5: an expanding repository for genome-wide catalogues of annotated gene phylogenies
    Nom: Fuentes, D.; Molina, M.; Chorostecki, U.; Capella, S.; Marcet, M.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Pàgina d'inici: D1062 Pàgina final: D1068 Vol.: 50 Núm.: D1
    DOI: 10.1093/nar/gkab966 ISSN o títol: 0305-1048
  • Methods in Molecular Biology, Profiling of RNA Structure at Single-Nucleotide Resolution Using nextPARS
    Nom: Chorostecki, U.; Willis, J.; Saus, E.; Gabaldon, T. Rol: Autor Data de publicació: 2023
    Pàgina d'inici: 51 Pàgina final: 62 Vol.: 2284
    DOI: 10.1007/978-1-0716-1307-8_4 ISSN o títol: 1940-6029 10643745
  • Computational and structural biotechnology journal, Structural characterization of NORAD reveals a stabilizing role of spacers and two new repeat units
    Nom: Chorostecki, U.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2021
    Pàgina d'inici: 3245 Pàgina final: 3254 Vol.: 19
    DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.045 ISSN o títol: 2001-0370
  • Nature communications, Identification of key sequence features required for microRNA biogenesis in plants
    Nom: Chorostecki, U.; Rojas, A.; Drusin, S.; Mateos, J.; Moro, B.; Bologna, N.; Bresso, E.; Schapire, A.; Rasia, R.; Moreno, D.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2020
    Vol.: 11
    DOI: 10.1038/s41467-020-19129-6 ISSN o títol: 2041-1723
  • Nucleic acids research, MetaPhOrs 2.0: integrative, phylogeny-based inference of orthology and paralogy across the tree of life
    Nom: Chorostecki, U.; Molina, M.; Pryszcz, L.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2020
    Pàgina d'inici: W553 Pàgina final: W557 Vol.: 48 Núm.: W1
    DOI: 10.1093/nar/gkaa282 ISSN o títol: 0305-1048
  • RNA biology, Transcriptomic analyses reveal groups of co-expressed, syntenic lncRNAs in four species of the genus Caenorhabditis
    Nom: Pegueroles, C.; Iraola, S.; Chorostecki, U.; Ksiezopolska, E.; Saus, E.; Gabaldón, T. Rol: Autor Data de publicació: 2019
    Pàgina d'inici: 320 Pàgina final: 329 Vol.: 16 Núm.: 3
    DOI: 10.1080/15476286.2019.1572438 ISSN o títol: 1547-6286
  • Nucleic acids research, Efficiency and precision of microRNA biogenesis modes in plants
    Nom: Moro, B.; Chorostecki, U.; Arikit, S.; Suarez, I.; Höbartner, C.; Rasia, R.; Meyers, B.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2018
    Pàgina d'inici: 10709 Pàgina final: 10723 Vol.: 46 Núm.: 20
    DOI: 10.1093/nar/gky853 ISSN o títol: 0305-1048
  • Plant physiology, Spatial Control of Gene Expression by miR319-Regulated TCP Transcription Factors in Leaf Development
    Nom: Bresso, E.; Chorostecki, U.; Rodriguez, R.; Palatnik, J.; Schommer, C. Rol: Autor Data de publicació: 2018
    Pàgina d'inici: 1694 Pàgina final: 1708 Vol.: 176 Núm.: 2
    DOI: 10.1104/pp.17.00823 ISSN o títol: 0032-0889
  • Plant cell, Evolutionary Footprints Reveal Insights into Plant MicroRNA Biogenesis
    Nom: Chorostecki, U.; Moro, B.; Rojas, A.; Debernardi, J.; Schapire, A.; Notredame, C.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2017
    Pàgina d'inici: 1248 Pàgina final: 1261 Vol.: 29 Núm.: 6
    DOI: 10.1105/tpc.17.00272 ISSN o títol: 1040-4651
  • Bioinformatics, comTAR: a web tool for the prediction and characterization of conserved microRNA targets in plants
    Nom: Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2014
    Pàgina d'inici: 2066 Pàgina final: 2067 Vol.: 30 Núm.: 14
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btu147 ISSN o títol: 1367-4803
  • Genome research, Multiple RNA recognition patterns during microRNA biogenesis in plants
    Nom: Bologna, N.; Schapire, A.; Zhai, J.; Chorostecki, U.; Boisbouvier, J.; Meyers, B.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2013
    Pàgina d'inici: 1675 Pàgina final: 1689 Vol.: 23 Núm.: 10
    DOI: 10.1101/gr.153387.112 ISSN o títol: 1054-9803
  • Nucleic acids research, Identification of new microRNA-regulated genes by conserved targeting in plant species
    Nom: Chorostecki, U.; Crosa, V.; Lodeyro, A.; Bologna, N.; Martin, A.; Carrillo, N.; Schommer, C.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2012
    Pàgina d'inici: 8893 Pàgina final: 8904 Vol.: 40 Núm.: 18
    DOI: 10.1093/nar/gks625 ISSN o títol: 0305-1048
  • CURRENT BIOLOGY, Identification of microRNA processing determinants by random mutagenesis of Arabidopsis MIR172a precursor
    Nom: Mateos, J.; Bologna, N.; Chorostecki, U.; Palatnik, J. Rol: Autor Data de publicació: 2010
    Pàgina d'inici: 49 Pàgina final: 54 Vol.: 20 Núm.: 1
    DOI: 10.1016/j.cub.2009.10.072 ISSN o títol: 1879-0445
Curs 2025-2026 - Període: 01/09/2025 - 31/08/2026
  • Grau
    Grau en Ciències Biomèdiques
    • - Introducció a la Bioinformàtica
    • - Treball de Fi de Grau
    • - Pràctiques Externes de Laboratori
  • Altres
    Màster de Formació Permanent en Gestió a l'Empresa Biomèdica
    • - Capacidades Transversales: Gestión de Proyectos, Negociación y Comunicación
Curs 2024-2025 - Període: 01/09/2024 - 31/08/2025
  • Grau
    Grau en Ciències Biomèdiques
    • - Introducció a la Bioinformàtica
    • - Treball de Fi de Grau
Curs 2023-2024 - Període: 01/09/2023 - 31/08/2024
  • Grau
    Grau en Ciències Biomèdiques
    • - Bioinformàtica per Òmiques